使用磁珠法提取中草药RNA时注意事项
发布时间:
2025-08-18 00:00
1. 样品前处理优化
(1)材料选择与破碎
新鲜或快速冷冻样本:中草药组织(如根、叶)采集后立即液氮冷冻,避免RNA降解。
精细研磨:在液氮中研磨至细粉(避免过热),确保细胞充分裂解。
(2)裂解缓冲液改良
高盐+强变性剂:
使用含 4 M异硫氰酸胍 和 β巯基乙醇(12%)的裂解液,抑制RNase并解离多糖蛋白复合物。
针对多酚丰富的草药(如丹参、绿茶):添加 2% PVPP(聚乙烯聚吡咯烷酮) 或 1% Triton X100 吸附多酚。
pH控制:调节裂解液pH至4.55.0(酸性环境减少多糖溶解)。
2. 磁珠选择与结合条件
(1)磁珠类型
硅基磁珠:优先选择表面修饰硅羟基的磁珠(如SiO₂@Fe₃O₄),在高盐条件下特异性结合RNA。
抗干扰磁珠:针对多糖/多酚污染,可选羧基磁珠(如Thermo Fisher的 ChargeSwitch技术)。
(2)结合优化
盐浓度:添加终浓度 35 M NaCl 或 20-30% PEG 8000,促进RNA磁珠结合。
温度与时间:4℃结合10分钟(减少降解),避免室温长时间操作。
3. 去除干扰物关键步骤
(1)多糖去除
低温沉淀:裂解后4℃静置10分钟,离心去除多糖沉淀(上清用于RNA提取)。
DNase I处理:在磁珠结合前加入DNase I(避免DNA污染)。
(2)多酚素处理
洗涤液改良:
用 70%乙醇(含0.1 M NaCl) 洗涤2次,去除残留多酚。
严重色素干扰时:增加 5 mM维生素C 到裂解液抗氧化。
4. RNA洗脱与质控
(1)低RNA载量对策
小体积洗脱:用 20-50 μL无RNase水(预热至60℃)洗脱,提高浓度。
重复洗脱:同一份磁珠用洗脱液处理2次,合并洗脱液。
(2)完整性检测
电泳:琼脂糖凝胶电泳检查
纯度标准:Nanodrop检测A260/A280≈2.0,A260/A230>1.8(低值提示多糖/多酚残留)。
注意事项总结
速度优先:从取样到RNA稳定(如乙醇沉淀或冻存)尽量在30分钟内完成。
避免过度干燥:磁珠洗涤后短暂晾干(≤1分钟),过度干燥会降低RNA溶解度。
批次差异:不同部位(根 vs 叶)或生长期的中草药需调整裂解时间。
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